质量体系认证与产品质量认证的主要区别在于认证对象不同。产品质量认证的对象是具体的产品，质量体系认证的对象是供应商组织的质量体系。由于认证对象的不同，在获得认证的条件、认证的方式、认证的用途等方面都会存在一系列差异。共同点是它们都需要对供应商组织的质量体系进行系统审核。根据两者的区别，企业可以根据自己的目的选择所需的认证方式。
企业需要考虑的因素包括：企业的产品种类数量、产品是否需要执行规定的强制性标准、偏好哪类用户属性、用户对质量形式的具体要求认证。生产的产品品种单一、执行强制性标准的产品、需要批量生产的产品、需要供方取得需方指定的产品质量认证证书的企业等，均可考虑进行产品质量认证。
对多品种、小批量的企业，或需方指定供方取得质量体系认证证书的，应考虑进行质量体系认证。质量体系认证的外部影响不如产品质量认证。产品质量认证可以直接在产品包装上制作标识，具有影响力大的优势。产品质量认证的局限性小于质量体系认证，只能用于特定产品。两者都有自己的优点和缺点。企业在选择采用哪种方式进行认证时，应根据自身情况和客户要求慎重选择。
